简书笔记汇总
简书作者：生信start_site
Linux 学习笔记
- 《Linux 命令行与 shell 脚本编程大全》第 11 章笔记（上）
- 《Linux 命令行与 shell 脚本编程大全》第 11 章笔记（下）
- 结构化命令 之 if-then； if-then-else 语句
- 结构化命令 之 test 命令 (长文慎入）
- 结构化命令 之 复合条件测试
- 结构化命令 之 if-then 高级特性
- 结构化命令 之 case 命令
- 结构化命令 之 for 命令
- 结构化命令 之 while 命令
- 结构化命令 之 until 命令
- 结构化命令 之 嵌套循环
- 控制循环
- 处理循环的输出
- shell 脚本编程 – 处理用户输入
- 如何使用服务器下载和处理文件 / 以及传输文件至本地文件夹
- 利用 TrimGalore 去除 adapter 以及过滤 fastq 文件
- 更改 Putty 主题背景
- 如何根据染色体坐标批量提取对应的 DNA 序列（bedtools）
- 计算 bam 文件中比对上基因组的 reads 以及合并多个 bam 文件
- file 命令，find 命令
- 怎么在 linux 里访问 U 盘里的数据
- 输入 / 输出 / 重定向
R 学习笔记
- 如何在散点图里添加特定标签
- 如何修改操作系统分配给 R 的内存上限
- 用 R 画 Circular barplot 图（环状柱形图）
- 用 R 画弧形图（Arc Diagram）
- GENIE3——一款预测基因调控网络的 R 包
- RNA-seq 的差异基因除了热图 / 火山图，你还可以如何展示？
- RCircos 包的使用
- 洛克菲勒大学 2021 年生信课 1：Introduction to R, session 1
- 洛克菲勒大学 2021 年生信课 2：Introduction to R, session 2
python 学习笔记
- 学习 Python: 最开始的开始（入门教程 + 软件安装）
- Biopython 学习笔记（一）
- Biopython 学习笔记（二）序列的分析
- Biopython 学习笔记（三）Blast
- Biopython 学习笔记（四）访问 NCBI Entrez 数据库
- 利用 scanpy 进行单细胞测序分析（一）预处理和聚类
- 利用 scanpy 进行单细胞测序分析（二）轨迹推断
- 利用 scanpy 进行单细胞测序分析（三）Marker 基因的可视化
- ipython 的初步了解
- Numpy 笔记（NumPy ndarray）
- Numpy 笔记（Transposing Arrays）
- Numpy 笔记 (File Input and Output with Arrays)
- pandas 笔记（pandas Data Structures）
- pandas 笔记（Essential Functionality）
- pandas 笔记（Summarizing and Computing Descriptive Statistics）
- pandas 笔记（Handling Missing Data）
- pandas 笔记 (Data Transformation)
- python 可视化：matplotlib 学习笔记
- python 可视化：Plotting with pandas and seaborn
- python 笔记：Functions
- python 笔记：将 function 储存在 module 里
- python 笔记：Class（类）
- python 笔记：打开 / 访问文件
perl 学习笔记
- Learning Perl 学习笔记（1）第二章 Scalar Data
- Learning Perl 学习笔记（2）第三章 Lists and Arrays
- Learning Perl 学习笔记（3）第四章：子程序
- Learning Perl 学习笔记（4）第五章 Input and Output
- Learning Perl 学习笔记（5）第六章 Hashes
- Learning Perl 学习笔记（6）第七章 正则表达式
- Learning Perl 学习笔记（7）第八章 使用正则表达式进行 matching
- Learning Perl 学习笔记（8）第九章 Processing Text with Regular Expressions
- Learning Perl 学习笔记（9）：Strings and Sorting
- circos 软件使用初探
- circos 软件学习笔记：语法、颜色、字体和文件格式
- circos 软件学习笔记：添加刻度
- circos 软件学习笔记：更改染色体的比例、颜色、方向
- circos 软件学习笔记：在圆圈里添加 lines（interaction）
转录组学习笔记
- RNA-seq 练习 第一部分（原始数据下载，提取 fastq 文件，fastqc 质控）
- RNA-seq 练习 第二部分（基因组序列下载，注释文件下载，索引下载，比对，比对质控, HTseq-count 计数，输出 count 矩阵文件）
- RNA-seq 练习 第三部分（DEseq2 筛选差异表达基因, 可视化）
- 理解 SAM 文件格式以及过滤 sam 文件
- GSEA 学习笔记
- 几种标准化方法的学习笔记
- 比对软件 STAR 的使用
ChIP-seq & ATAC-seq 笔记
- ChIP-seq 实践 (H3K27Ac,enhancer 的筛选和 enhancer 相关基因的 GO 分析)
- ChIP-seq 实践（非转录因子，非组蛋白）
- 在 IGV 里同时查看多个 region/gene
- ATAC-seq 分析练习
- 结合 CHIP-seq 和 ATAC-seq 结果进行分析
- GREAT 网页版学习笔记（预测顺式调控元件）
- 使用 HINT-ATAC 进行 ATAC-Seq 的 footprinting 分析
- 用 MEME-CHIP 预测转录因子的结合
- 利用 HOMER 预测目标序列的 motif（从运行程序到结果解读，以及注意事项）
- Motif scanning tool: FIMO（在线版分析笔记）
- 如何提取 ATAC-seq 数据的差异 peaks?（DiffBind 包的使用）
- shadow enhancers
CUT&Tag 学习笔记
Hi-C 学习笔记
甲基化测序分析学习笔记
- 陈巍学基因视频学习记录 – 甲基化测序
- Bismark Bisulfite Mapper 学习笔记（一）数据预处理
- Bismark Bisulfite Mapper 学习笔记（二）甲基化信息提取以及文件解读
- WGBS vs RRBS
单细胞转录组学习笔记
- 单细胞 RNA-seq 入门文献学习
- 单细胞测序实战（第一部分）
- 单细胞测序实战（第二部分）
- 单细胞测序实战（第三部分）
- (Smartseq2) single cell RNA-seq 分析练习
- 10× 单细胞测序分析练习（一）
- 10× 单细胞测序分析练习（二）
- 单细胞测序分析之 Monocle2 包学习笔记
- 单细胞测序分析之 Seurat（3.0）包学习笔记
- 单细胞测序分析之 scater 包学习笔记
- Single cell RNA-seq data analysis with R 视频学习笔记（一）
- Single cell RNA-seq data analysis with R 视频学习笔记（二）
- Single cell RNA-seq data analysis with R 视频学习笔记（三）
- Single cell RNA-seq data analysis with R 视频学习笔记（四、五）
- 单细胞测序数据整合练习（详细代码）
- Single cell RNA-seq data analysis with R 视频学习笔记（六）
- Single cell RNA-seq data analysis with R 视频学习笔记（七）
- Single cell RNA-seq data analysis with R 视频学习笔记（八）
- Single cell RNA-seq data analysis with R 视频学习笔记（九：空间转录组）
- 单细胞轨迹推断（Trajectory inference）分析（详细代码）
- RNA velocity of single cells 文献学习
- RNA velocity 分析练习（一）文件下载以及预处理
- RNA velocity 分析练习（二）软件安装
- RNA velocity 分析练习（三）生成 loom 文件
- RNA velocity 分析练习（四）聚类以及 velocity 可视化
- cellranger 使用的初步探索（1）
- cellranger 使用的初步探索（2）理解 cellranger count 输出文件
- cellranger 使用的初步探索（3）cellranger aggr
- cellranger 使用的初步探索（4）：R 读取 cellranger 的输出文件
单细胞 ATAC-seq 学习笔记
- Single-Cell ATAC-Seq 的初步了解
- scATAC-seq 数据分析练习（成年小鼠大脑组织）
- [scATAC-seq] 利用 Monocle3 构建细胞 “轨迹”
- ArchR 官网教程学习笔记 1：Getting Started with ArchR
- ArchR 官网教程学习笔记 2: 基于 ArchR 推测 Doublet
- ArchR 官网教程学习笔记 3: 创建 ArchRProject
- ArchR 官网教程学习笔记 4:ArchR 的降维
- ArchR 官网教程学习笔记 5:ArchR 的聚类
- ArchR 官网教程学习笔记 6: 单细胞嵌入（Single-cell Embeddings）
- ArchR 官网教程学习笔记 7:ArchR 的基因评分和 Marker 基因
- ArchR 官网教程学习笔记 8: 定义与 scRNA-seq 一致的聚类
- ArchR 官网教程学习笔记 9:ArchR 的伪批量重复
- ArchR 官网教程学习笔记 10:ArchR 的 call peak
- ArchR 官网教程学习笔记 11: 鉴定 Marker 峰
- ArchR 官网教程学习笔记 12:Motif 和 Feature 富集
- ArchR 官网教程学习笔记 13:ChromVAR 偏差富集
- ArchR 官网教程学习笔记 14:ArchR 的 Footprinting 分析
- ArchR 官网教程学习笔记 15:ArchR 的整合分析
- ArchR 官网教程学习笔记 16（上）:ArchR 的轨迹推断分析
- ArchR 官网教程学习笔记 16（下）:ArchR 的轨迹推断分析
TCGA 数据库学习笔记
- TCGA 数据库的初次了解
- 如何批量下载 TCGA 里的数据（gdc-client 方法）
- 利用 R 包 TCGAbiolinks 进行各种数据下载
- TCGA 的差异基因分析
- 整合 gdc-client 批量下载的文件
- 如何把从 TCGA 下载的 HTseq count 转换成 FPKM
- 如何生成 WGCNA 分析所需的临床表型信息
- WGCNA 学习笔记
- TCGA 数据生存分析
- TCGA 甲基化数据下载以及相关临床信息整理
- TCGA 甲基化数据质量控制和差异分析（使用 ChAMP 包）
- 如何将 WGCNA 导出的基因共表达网络进行可视化（cytoscape 软件的使用）
- TCGA 数据库 MAF 文件的分析以及可视化（maftools 包的使用）
- TCGA 数据库 copy number variation 数据分析（第一部分：从数据下载到 GISTIC 输出文件）
- TCGA 数据库 copy number variation 数据分析（第二部分：利用 maftools 进行可视化）
GEO 数据库学习笔记
- GEO 数据库视频学习笔记（芯片数据下载和数据读取）
- GEO 数据库视频学习笔记（ID 转换）
- GEO 数据库视频学习笔记（了解你的表达矩阵）
- GEO 数据库视频学习笔记（差异分析、可视化、GSEA）
cBioPortal 数据库学习笔记
WGS 学习笔记
- GATK 的初次了解
- GATK 官网学习笔记 Data pre-processing for variant discovery
- Broad Institute 视频笔记 Introduction to High-throughput Sequencing Data
- Broad Institute 视频笔记 Introduction to Data Preprocessing
- Broad Institute 视频笔记 Introduction to Variant Discovery
- Broad Institute 视频笔记 Introduction to Germline Variant Discovery
- Broad Institute 视频笔记 Introduction to Somatic Variant Discovery
- Broad Institue 视频笔记：Variant Calling with HaplotypeCaller
- Broad Institute 视频笔记 Hello World WDL Tutorial
- Broad Institute 视频笔记 Run Haplotypecaller（WDL+Cromwell）
文献阅读笔记
- 增强子和启动子真的是两种完全不同的调控元件吗？【Nature Reviews Genetics】文献阅读
- TT-seq 文献阅读 (TT-seq maps the human transient transcriptome)
- eRNA 文献阅读
- PRO-seq 文献阅读
- 增强子 (enhancer) 靶向表观基因组编辑技术 enCRISPRa 和 enCRISPRi 文献学习
- CROP-seq 文献学习（CRISPR 液滴测序）
- SMRT 测序文献阅读笔记
- 文献阅读笔记：CUT&RUN
- 文献阅读笔记：CUT&Tag
- 文献阅读 Orchestrating single-cell analysis with Bioconductor
- 文献阅读：细胞异质性的表观遗传学基础
- 【文献笔记】DNA，RNA 以及组蛋白的甲基化在衰老和肿瘤中的作用
StatQuest 视频学习笔记
- StatQuest——生物信息相关原理的入门系列 (一)
- StatQuest——生物信息相关原理的入门系列 (二)
- StatQuest（PCA 系列）step by step 为你解释 PCA 的那些事儿
- StatQuest——t-SNE 视频笔记
- StatQuest——Hierarchical Clustering 学习笔记
- StatQuest——K-means 到底是什么？
- StatQuest - 你想很轻松的理解 Covariance 和 Correlation 吗?(Part 1)
- StatQuest - 你想很轻松的理解 Covariance 和 Correlation 吗?(Part 2)
Epigenetics 笔记
- Epigenetics 笔记一：Writers, Readers, Erasers
- Epigenetics 文献学习：Regulation of chromatin by histone modifications
- Epigenetics 文献学习：染色质结构域
- Epigenetics 文献阅读：The molecular hallmarks of epigenetic control
- Epigenetics 文献学习：Writing, erasing and reading histone lysine methylation
- Epigenetics 文献学习：Histone H3 突变的致癌机制
- Epigenetics 文献学习：组蛋白标记在控制转录周期中的功能作用
- SWI/SNF 复合体在肿瘤里的作用
- 新英格兰医学：癌症的表观遗传治疗
- NATURE: 组蛋白标记 H3K36me2 招募 DNMT3A 并调节基因间 DNA 甲基化分布
- NATURE: 基因 - 环境协同诱导的表观遗传程序起始肿瘤发生
- NATURE: 组蛋白甲基转移酶 NSD3 异常活化可诱导肺鳞状细胞癌的发生
- NATURE: 组蛋白变体在调节染色质组织和功能中的作用
- Nature Reviews Cancer: 实体瘤 “劫持” 组蛋白变体互作网络
- Nature Reviews Genetics：3D 基因组组织工程
- NCB: 核纤层的功能机制与异常
- CUT&RUN 实验原理和步骤
- 【Nature Review Cancer】癌症中染色质修饰的 “language”